本发明涉及家畜育种，具体为一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法及其应用。
背景技术：
1、白绒山羊是绒肉兼用的优良山羊品种之一，山羊绒绒色洁白，手感柔软，纤维细长，单位体重产绒量高，是国内羊绒纤维的上品，绒山羊养殖作为地区传统优势产业和农业农村经济主导产业，在西北地区的畜牧业及经济发展中具有重要作用。
2、在如今社会经济快速发展背景下，人们的生活水平得到很大提升，也因此对于羊绒和羊肉等质量有着更高要求，但在绒山羊养殖过程中却存在一些问题，可能会导致羊产品无法进入市场，使得养殖效益下降，例如目前布鲁氏菌感染等，随着山羊养殖规模的不断扩大，以及养殖数量的不断增加，一旦出现布鲁氏菌病等传染性疾病，也更容易造成重大损失，布鲁氏菌病作为人畜共患病，在养殖业内不仅影响养殖的经济效益，对兽医和养殖等工作人员也有着极大的危害，因此，发掘绒山羊与布鲁氏菌病抗性或易感性相关的基因，以此来筛选出对布鲁氏菌病抗性高的群体，能够在很大程度上提升山羊饲养管理质量与经济效益，促进养殖业的健康发展，传统育种方法主要针对表型进行剖析与选择，速度慢、成本高、效率低，而基于分子标记的辅助育种技术能弥补这些不足，即通过检测dna分子标记来寻找与目标性状相关的基因突变位点，从而达到选择目标性状的目的，插入/缺失标记(insertion/deletion，indel)是最常见的分子标记之一，指基因组中一定数量核苷酸的插入或缺失，在真核生物基因组中分布广泛、稳定性好、准确性高，且易于检测，在分子标记辅助育种中发挥着重要作用。
3、sp110是近年来发现的可能与结核易感性相关的新基因，是核体蛋白sp100/sp140家族中的一员，其包含了sp100区、sand区、核定位序列(nls)以及细胞核激素受体结合域(nrb)等多种功能结构区，在基因转录、激素受体信号传递、细胞凋亡和病毒复制等方面都有重要作用。为此，我们提出一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法及其应用。
技术实现思路
1、本发明的目的在于提供一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法及其应用，以解决上述背景技术中提出的问题。
2、为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法及其应用，包括以下操作：
3、以待检测绒山羊全基因组为模板，pcr扩增包含sp110基因5’上游调控区一个突变位点插入/缺失多态性的片段，对pcr扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定所述突变位点插入/缺失多态的基因型；
4、以引物对扩增得到的片段包含绒山羊sp110基因nc_030809.1:rs639658778,g.17496443_17496444位21bp插入/缺失多态性位点；
5、所述引物对为：
6、上游引物：5’-agagaggggactgtgggatt-3’
7、下游引物：5’-ggattgggaccttgggcata-3’。
8、优选的，所述引物对的pcr反应程序为：
9、94℃预变性5min，94℃变性30s，56.5℃退火30s，72℃延伸30s，共30个循环；72℃延伸7min，4℃保存。
10、优选的，所述电泳均采用质量浓度为3％的琼脂糖凝胶。
11、优选的，所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的插入/插入基因型ii表现为241bp的一条带纹。
12、优选的，所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的插入/缺失基因型id表现为220bp和241bp的两条带纹。
13、优选的，所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的缺失/缺失基因型dd表现为220bp的一条带纹。
14、所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测试剂盒，所述试剂盒包括pcr扩增绒山羊sp110基因nc_030809.1:rs639658778,g.17496443_17496444位插入/缺失多态位点的引物对和pcr反应液，所述引物为引物对；
15、所述引物对为：
16、上游引物：5’-agagaggggactgtgggatt-3’
17、下游引物：5’-ggattgggaccttgggcata-3’。
18、优选的，所述山羊sp110基因nc_030809.1:rs639658778,g.17496443_17496444位插入/缺失作为分子标记在绒山羊抗布鲁氏菌病辅助选择育种中的应用。
19、优选的，所述g.17496443_17496444位插入/插入基因型为绒山羊布鲁氏菌病抗性基因型。
20、优选的，所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的插入/插入基因型核酸电泳表现为241bp的一条带纹。
21、与现有技术相比，本发明的有益效果是：
22、1.本发明根据绒山羊sp110基因5’上游调控区序列设计引物，以绒山羊基因组dna为模板，通过pcr扩增、琼脂糖凝胶电泳和直接测序技术，能够精确、快速和低成本的检测绒山羊sp110基因nc_030809.1:rs639658778,g.17496443_17496444位的插入/缺失多态性。本发明利用pcr扩增技术检测绒山羊sp110基因插入/缺失多态性，并进行基因型和等位基因频率分析，首次发现sp110基因与白绒山羊布鲁氏菌病抗性的显著相关，可作为白绒山羊抗布鲁氏菌病遗传育种的有效dna标记。
23、2.所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的插入/缺失和缺失/缺失基因型患布鲁氏菌病的风险程度分别是插入/插入基因型的0.750倍和0.689倍，插入/插入基因型可能是绒山羊布鲁氏菌病抗性基因型；
24、3.第17496443_17496444位点可作为绒山羊抗布鲁氏菌病育种的重要候选分子标记位点。本发明通过筛选并结合分子标记辅助育种(marker assisted selection，mas)技术对布鲁氏菌病易感性或抗性密切相关的dna候选标记位点并进行检测，根据基因多态性与布鲁氏菌病易感性或抗性进行相关性分析，从而可对布鲁氏菌病抗性羊群进行早期选育，加快抗布鲁氏菌病羊群的建立并进行快速扩繁。
1.一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法，其特征在于：包括以下操作：
2.根据权利要求1所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法，其特征在于：所述引物对的pcr反应程序为：
3.根据权利要求2所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法，其特征在于：所述电泳均采用质量浓度为3％的琼脂糖凝胶。
4.根据权利要求1所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法，其特征在于：所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的插入/插入基因型ii表现为241bp的一条带纹。
5.根据权利要求1所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法，其特征在于：所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的插入/缺失基因型id表现为220bp和241bp的两条带纹。
6.根据权利要求1所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法，其特征在于：所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的缺失/缺失基因型dd表现为220bp的一条带纹。
7.根据权利要求1-9任意所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括pcr扩增绒山羊sp110基因nc_030809.1:rs639658778,g.17496443_17496444位插入/缺失多态位点的引物对和pcr反应液，所述引物为引物对；
8.根据权利要求7所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法及其应用，其特征在于：所述山羊sp110基因nc_030809.1:rs639658778,g.17496443_17496444位插入/缺失作为分子标记在绒山羊抗布鲁氏菌病辅助选择育种中的应用。
9.根据权利要求7所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法及其应用，其特征在于：所述g.17496443_17496444位插入/插入基因型为绒山羊布鲁氏菌病抗性基因型。
10.根据权利要求7所述的一种绒山羊sp110基因插入/缺失标记的检测方法及其应用，其特征在于：所述第17496443_17496444位插入/缺失多态位点的插入/插入基因型核酸电泳表现为241bp的一条带纹。
